過敏因素(15%)：
過敏性病變，受個體差異影響。主要是腸道性過敏，也時有累及皮膚。有些人對魚類、蝦、蟹、牛乳等高蛋白食物產生過敏，這些都是異體蛋白進入人體時所產生大量組織胺物質，引發過敏性反應。過敏性反應，是受致敏物質刺激，自身免疫引起反應，釋放出自衛物質而激發大量免疫細胞凝聚、均結集在消化道粘膜表面，從而引起粘膜表面水腫充血及滲液等炎症發生。過敏性反應是隨著人類生活、飲食習慣的改變，個體的差異，是消化過敏的主要因素。
感染因素(20%)：
感染，在結腸炎病因中是主要病因之一。雖然在糞便中未能檢致病菌 、病毒或真菌。每當發病時，使用抗生素則有不同程度控病情和治療效果，這說明抗生素具有抑制大腸桿菌及其它致病菌，可減低臨床症狀，一般認為都與感染有關。人類是雜食性的，當吃了不潔或變質的食物，往往會發生腸道病變，是佔結腸炎病因多數。
自身免疫(10%)：
隨著社會發展，醫學的進步，免疫學的快速成長，有很多不明病因的都以探明。目前，免疫疾的發病率高，治療困難，已引起重視。因此，慢性結腸炎在常規治療是下難以治癒的。
體液免疫血液(14%)：
體液免疫血液中，一般都可發現抗結腸炎抗體(IGM)存在，其抗原是結腸上皮細胞內的脂多糖，從而使細胞毒細胞殺死結腸的上皮細胞，形成了局部或整片創傷，容易引起繼發性感染，發生炎症。所以，在患者糞便中，常可發現大量上皮細胞脫落，也說明這個原因。
細胞免疫(10%)：
在人體免疫系統中，細胞免疫為人體主要免疫，其中有"中性粒細胞和淋巴細胞"。慢性結腸炎的發生，往往可引起大量淋巴細胞結集於腸素周邊的淋巴結內，對抗發生腸系感染及腸道粘膜損傷的病毒(有報道為腸病毒感染)。而中性粒細胞則針對細菌性感染起到免疫作用，在長時間炎症作用下，可引起免疫細胞增強功擊力，互相殺滅，將正常細胞破壞，導致炎症加重，是長期炎症不愈原因之一。
