小兒腮腺炎本身並非重症，但併發症較多，有些病情較重。
1.神經系統併發症
據報道約有10%～20%病例可有臨床表現，臨床表現為腦炎(約5%)、腦膜腦炎(約27%)、腦脊髓炎。小腦病變為主者出現共濟失調;以豆狀核病變為主者，出現扭轉性痙攣;尚可見顱神經損傷，腦積水等。總的預後良好，但也偶見死亡病例及留有後遺症者。腦膜腦炎的出現，可在腮腺腫脹前、腫脹同時以及腫脹後。統計表明腫脹前6～10日的發生率1.6%，1～5日為11%，腫脹同時為2.5%，腫脹後1～5日20.3%，6～10日為11%，11～26日1.6%。具體而言，腦膜腦炎可於腮腫前後兩週出現。臨床的主要表現為發熱、頭疼、嘔吐、嗜睡、頸強直，少數病例可有昏迷、驚厥。由於一般不做腦脊液檢查，確切的發病率及腦脊液的變化難以得知，一般認為，腦脊液細胞數略增高，多為數十至數百，偶見超過1000×106/L者，分類以淋巴細胞佔多數，糖及氯化物正常，蛋白輕度增高。腦脊液恢復正常時間較長，一般需要3～6周。
2.生殖器官併發症
流行性腮腺炎病毒也可侵犯生殖腺，表現為睪丸炎或卵巢炎，前者較後者多見，可能與臨床易於發現有關。此併發症多見於青少年或成人，兒童期少見。多發生於腮腺腫脹後3～13日，單側較多，僅2%～3%見於雙側。臨床表現有高熱、頭疼、噁心、嘔吐、局部疼痛。陰囊腫脹、皮膚髮紅。病程大概10日左右。卵巢炎的發生率較睪丸炎少，臨床症狀也輕，僅有腰部痠痛，下腹部有壓痛、月經失調等。可致約30%～50%睪丸或卵巢發生不同程度萎縮，雙側萎縮者可導致不育症。
3.急性胰腺炎
可見於年長兒，大多數發生於腮腺腫脹後3～5日至1周。主要表現為體溫驟然上升，伴有反覆頻繁的嘔吐、上腹劇烈的疼痛、腹瀉、腹脹或便秘。上腹部壓痛明顯，局部肌緊張，B超有時顯示胰腺腫大。血、尿澱粉酶增高，但90%單純腮腺炎病例澱粉酶也可輕或中度增高。血清脂肪酶測定，有助於胰腺炎的診斷。近年有測定澱粉酶同工酶，可區分腮腺(P型)及唾液腺(S型)澱粉酶。
4.感音性耳聾
聽力減退甚至耳聾也是腮腺炎的併發症及後遺症，國內外均有這方面的報道。這種改變不僅見於併發腦炎的患者，也可見於單純性小兒腮腺炎的患兒。據觀察，耳聾多為一側發生，年長兒發生率高，大多於發病後10日以內出現，若併發腦炎，耳聾的發生率則更高約23.8%。由於聽神經水腫所致耳聾，經降低水腫、改善局部微循環，大約6個月內可恢復，而由聽神經變性引起耳聾，往往成為終身的損害。
5.其他併發症
腮腺炎併發腎炎約1.14%，可在腮腺腫脹同時或患腮腺炎1周以內發生。除腮腺炎的表現外尚可有腰痛、尿頻、尿少、血尿、眼瞼及下肢浮腫、高血壓等表現。尿常規檢查可見不同程度的蛋白尿和血尿。腎功能大多數正常，或暫時降低。隨腮腺炎的好轉，腎炎的炎症也減輕，一般3周內恢復。有時可從尿中檢查出病毒，提示由病毒直接損害腎臟的可能性。約2%～4%腮腺炎的患兒併發心肌炎、心包炎，臨床症狀輕，心電圖可見各種類型的心律紊亂及ST-T改變。多數在數日內恢復正常，少數重症者可出現心功能不全，也有報道引起8次阿-斯綜合徵者。併發肝炎約1.25%。還有少數併發關節炎，常累及大關節，多在3個月內症狀消失。此外，血小板減少約2.6%。還有乳腺炎、淚腺炎、胸骨前軟組織水腫、面神經麻痺、消化道出血及流行性出血熱等。
