血栓治療目的在於重建血流通路，可採用手術和藥物二大措施，本文僅討論後者。
依發展階段選藥
(1)高凝狀態：高凝狀態表明體內有形成血栓的傾向，但尚未形成血栓，此階段應用以下措施。
①抗血小板療法：可選用腸溶阿司匹林(50～100mg/d)。用藥期間，用血小板聚集試驗監護。此類藥物對動脈血栓性疾病有一定的療效，對靜脈血栓性疾病療效不肯定。阿司匹林對男性有效，而女性療效較差;對預防缺血性腦血管病初次發作有一定療效，而預防再次發作無效;或噻氯匹定對男性與女性初次和再次發作均有療效。此類藥物過量尚無拮抗劑。
②抗凝療法：通過影響凝血過程的某個環節，阻止血栓的形成與擴大，但對已形成的血栓無效。肝素在防治急性靜脈血栓形成，尤其是周圍靜脈和肺栓塞有較好的療效。一般以0.5mg/(kg·d)作為治療，間歇或持續靜滴。治療中用部分凝血活酶時間(較正常延長1.5～2.5倍)監護。肝素過量用硫酸魚精蛋白(魚精蛋白)對抗。華法林和醋硝香豆素(新抗凝)常用於慢性靜脈血栓形成，需用凝血酶原時間(維持在25～30s為宜)作為監護指標，過量用維生素K對抗。
③降低血黏度療法：可選用低分子右旋糖酐和蝮蛇抗栓酶。④調節內皮細胞功能：Defibrofide和蛋白多糖能促使內皮細胞合成和釋放tPA PGI2，中藥脈通靈提取物也能加速tPA的釋放，從而發揮抗血栓效應。
(2)血栓形成：採用溶栓療法僅適應於新近形成的急性動靜脈血栓，其療效與血栓形成的時間有關。
(3)血栓栓塞：應用抗血管療法。
依類選藥
動脈血栓性疾病發生機制主要是內皮損傷和血小板激活，其治療可選用調節血管內皮細胞功能、抑制血小板、溶栓及降低血黏度等措施。靜脈血栓性疾病的發生機制是以血流緩慢和血液凝固性增高為主，故治療選擇抗凝、溶栓及降低血黏度等療法。
