和常人不同，孕婦使用抗生素應該特別小心，常用的多種抗生素與抗原蟲藥物，除有不良反應外，不少還有潛在的致畸可能，例如常用的甲硝唑，對實驗動物有致畸作用，故在妊娠期，特別是懷孕前3個月禁用。其他抗生素，如磺胺類、四環素類、喹諾酮類等對母親或/及胎兒均有不良影響，亦應禁用。某些較緩和的抗腹瀉劑，如高嶺土、果膠可用，這些藥物可吸收水分減少腸蠕動;活性炭片也不妨一試。
思密達是一種八面礞託石，具有較大的吸附面，不被機體吸收，它不但具有上述特性，還可吸附一些致病菌，因而安全有效。一般說來，紅黴素、氨苄青黴素對母嬰都是安全的。
另外，必須要注意的是，不能用鴉片類藥物止瀉，因這類藥物可能造成細菌過度生長與重複感染，反而會加重腹瀉。除了上述藥物之外，醫生也會給孕婦服用一些微生態製劑，如麗珠腸樂、整腸生等，以調整腸道菌群，扶正祛邪。對有腹瀉又即將臨產的孕婦，應按腸道傳染病行床邊隔離，以保證嬰兒及其他產婦的安全。
經過以上的吃藥治療之後，拉肚子的孕婦一般可以在24～96小時後恢復正常排便。如治療無效，應進行糞便細菌學培養和藥物敏感試驗，同時進行腸道原蟲與寄生蟲檢查。必要時慎行纖維乙狀結腸鏡檢查，以排除炎症性腸病。
