1 賁門失弛症：病人年輕、吞嚥困難病史長，但仍能保持中等的健康狀況。X線食管造影可見對稱光滑的賁門上方漏斗形狹窄，及其近側段食管高度擴張。
2.下段食管炎：常伴隨有裂孔疝及胃液反流，病人有長期“燒心”、反酸史，體態多矮胖，炎症時間長引發瘢痕狹窄，出現吞嚥障礙。X線鋇餐表現下段食管及賁門狹窄，黏膜可以不整，食管鏡檢查可見炎症肉芽和瘢痕，肉眼觀察有時與癌不易區分，反覆多點活檢如一直為陰性結果即可確診。
3 消化性潰瘍：上腹部不適，輕度食後飽脹，消化不良，或心窩部隱痛等，都易與賁門癌相混淆。且消化道潰瘍出血與賁門癌出血難以鑑別，胃鏡活檢確診率較高。賁門癌的鑑別診斷包括賁門痙攣(賁門失弛緩症)、食管下段慢性炎症導致的狹窄，以及賁門部消化潰瘍等。賁門痙攣病例的臨床特點是年輕、病史長、吞嚥困難病史長，但仍能保持中等的健康狀況。X線食管造影可見對稱光滑的賁門上方漏斗形狹窄及其近側段食管高度擴張。
