不同部位結石的臨床表現有很大差異，同一部位的結石會因為結石的大小、是否存在繼發感染等有不同的臨床表現。上尿路結石主要症狀是疼痛及血尿。通常患者都會出現肉眼或鏡下血尿，後者更為常見。若繼發感染可表現為急性腎盂腎炎及腎積膿。雙側上尿路結石引起嚴重的梗阻可導致患者出現尿毒症。
膀胱結石典型症狀為排尿突然中斷，疼痛放射至遠端尿道及陰莖頭部，伴排尿困難和膀胱刺激徵。膽囊結石絕大部分沒有臨床症狀，膽囊結石的典型症狀為膽絞痛，部分還可表現為膽囊炎發作。有些患者可以表現為Mirrizzi綜合徵(膽囊炎、梗阻性黃疸、膽管炎)。若結石排入膽管，可造成膽管結石。膽管結石患者可以沒有臨床症狀，也可以表現為腹痛、黃疸。若合併膽管感染者可表現為發熱、腹痛及黃疸，嚴重者則會出現休克及精神神經系統症狀。部分膽囊結石還可能會引起膽源性胰腺炎的發作。
