乙型肝炎病毒進入細胞後，通過脫衣殼而釋放出鬆弛型DNA（rcDNA）,進入細胞核內，在DNA多聚酶的作用下，正鏈進一步延長，形成共價閉合環狀DNA（cccDNA）.以cccDNA為模板，在細胞核內轉錄前基因組RNA和翻譯各種病毒蛋白的mRNA，轉錄後的模板仍然完整，一直存在於細胞核中，感染肝細胞不清除，cccDNA則一直存在，因此HBV cccDNA的存在是慢性乙型肝炎病毒持續存在並難以清除的最根本原因。
慢性乙型肝炎病毒感染後，我們能從血液中檢測出的病毒成分有HBV DNA、HBeAg和HBsAg。在這些成分中，血液中的HBV DNA含量水平取決於細胞內病毒的複製和外周血液中病毒的清除速度，在抗病毒治療過程中不與細胞內cccDNA的清除程度和病毒感染細胞的清除程度相平行。雖然病毒感染細胞的清除程度可以反應在血液中HBeAg含量的下降上，但由於HBV前C區的變異可以導致產HbeAg陰性病毒株，從而血液中HBeAg的含量也不一定與肝臟或肝細胞內cccDNA水平相平行。HbsAg作為病毒外膜蛋白的主要成分，在病毒的複製過程中，表達的外膜蛋白有90％過剩，並不組裝為病毒顆粒，為以管狀顆粒和小球形顆粒存在，這些外膜蛋白顆粒的數量是病毒顆粒數量的1000倍以上，使其成為HBV感染後血清學檢測最重要的成分，血液中HBsAg的含量與肝臟內HBV含量(r=0.43, P=0.028)和cccDNA含量(r=0.54, P=0.004)相平行。
