世界衛生組織建議，只要沒有抗病毒治療的禁忌症，所有丙型肝炎病毒複製（HCV RNA陽性）的HCV感染者都應考慮接受標準化的抗病毒治療，無論他們是否出現肝功能異常；有明顯肝臟纖維化的患者應立即開始治療。
世界衛生組織推薦的HCV感染者的治療程序：
丙型肝炎是可以治癒的。丙型肝炎治療的目標有兩個：第一，清除丙型肝炎病毒，改善肝臟疾病，防止和減少肝硬化和肝癌的發展。二是減少丙型肝炎的繼續傳播。
丙型肝炎病毒感染者的治療越早，效果越好，90%以上能完全清除病毒，徹底治癒疾病；肝臟明顯纖維化或已經形成肝硬化的患者，可以阻止或延緩肝病的繼續發展，減少失代償期肝硬化和和肝細胞癌的發生，降低與丙型肝炎直接或間接有關的死亡率。治癒後的丙型肝炎病毒感染者就不再具有傳染性，減少了丙型肝炎病毒的傳播。
丙型肝炎的標準治療是干擾素+利巴韋林。對於干擾素+利巴韋林治療失敗或不能耐受的患者，可以使用較新的一代直接抗病毒藥物。這些新一代的直接抗病毒藥物已經在國外許多國家和地區上市，在中國的臨床試驗正在進行中，不久將在中國上市。經過規範的抗病毒治療，90%以上的丙型肝炎病毒感染者可以被治癒。治療前應評估丙肝的疾病發展階段和病毒的基因型，並在醫生的指導下選擇抗病毒治療方案；治療期間應定期到醫院複查，評估藥物的療效，監測藥物的毒性。
