結石引起尿流梗阻已影響腎功能、或經非手術療法無效，無體外衝擊波碎石條件者，應考慮手術治療。原則上對雙側腎結石先取手術簡便安全的一側;一側腎結石，另一側輸尿管結石，先取輸尿管結石;雙側輸尿管結石先取腎積水嚴重的一側。對有嚴重梗阻、全身虛弱不宜行較複雜的取石手術者，可先行腎造瘻。
術前準備
術前必須瞭解雙側腎功能情況，有感染者先用抗菌素控制感染。輸尿管結石患者在進手術室前或在手術檯上術前攝尿路平片作結石的最後定位。
手術方式
根據結石大小、形狀和部位不同，常用的有以下幾種手術方式：
1.腎盂或腎竇切開取石術：切開腎盂、取出結石，鹿角狀結石或腎盞結石，有時須作腎竇內腎盂腎盞切開取石。
2.腎實質切開取石術：腎結石較大，不能經腎竇切開取石者，需切開腎實質取石。
3.腎部分切除術：適用於腎一極多發性結石(多在腎下極)，或位於擴張而引流不暢的腎盞內，可將腎一極或腎盞連同結石一併切除。
4.腎切除術：一側腎結石並有嚴重腎積水或腎積膿，已使腎功能嚴重受損或喪失功能，而對側腎功能良好者，可行切除患腎。
5.輸尿管切開取石術：輸尿管結石直徑大於1釐米或結石嵌頓引起尿流梗阻或感染，經非手術療法無效者可行輸尿管切開取石術。
6.套石術：輸尿管中下段結石直徑小於0.6釐米，可試行經膀胱鏡用特製的套籃或導管套取
