本病發生原因尚不清楚，文獻介紹與下列因素有關：慢性炎症，如肛瘻，肛裂，化膿性汗腺炎，肛門尖銳溼疣，肛門白斑，骶尾部畸胎瘤等，均可視為癌前期病變，由於慢性長期刺激，引起細胞退行性變化，失去正常再分化能力，以致癌變。
肛瘻(30%)：
肛瘻又稱“肛門直腸瘻”，大部分肛瘻由肛門直腸膿腫破潰或切開排膿後形成。膿腫逐漸縮小，但腸內容物仍不斷進入膿腔，在癒合縮小的過程中，常形成迂曲的腔道，引流不暢不易癒合，日久後腔道周圍有許多瘢痕組織，形成慢性感染性管道。
肛裂(30%)：
肛裂是齒狀線下肛管皮膚層裂傷後形成的小潰瘍。方向於肛管縱軸平行，長0.5～1.0cm，呈梭形或橢圓形，常引起肛周劇痛。多見於青、中年人，絕大多數肛裂位於肛管的後正中線上，也可在前正中線上，側方出現肛裂極少。若側方出現肛裂應想到腸道炎性疾病(如結核、潰瘍性結腸炎及Crohn病等)或腫瘤的可能。
肛門尖銳溼疣(15%)：
肛門尖銳溼疣引是一種由人類乳頭瘤病毒引起，發生於肛門及肛周皮膚粘膜交界處的疣狀贅生物，屬性傳播疾病，常因接觸帶病毒的物器或性接觸感染所至。
