感染性心內膜炎
在1歲以下嬰兒很少見。Corone等的一組患者中，以15～29歲的發生率最高。一般說來，生存時間愈長，併發感染性心內膜炎的機會愈大。根據文獻統計，發生率達25%～40%。但從抗生素和化學療法廣泛應用以來發生率大為降低，約5～6%，低到2～3.7%。不過其患者年發生率仍為0.15%～0.3%。
主動脈瓣關閉不全
室間隔缺損位於右心室流出道和室上嵴下方者，容易伴有主動脈瓣關閉不全。Nodas報告發生率為4.6%，Tatsuno報告為8.2%。造成關閉不全的原因有二：①缺損位於主動脈瓣環的緊下方，瓣環缺乏足夠的支持。高速的分流自左向右噴射時，把主動脈瓣葉拉向下方，先使其延長，再產生脫垂，形成關閉不全。如不及時修補缺損，關閉不全將逐漸加重。②有些缺損邊緣變厚，機化收縮，甚至形成纖維帶，牽拉主動脈瓣，產生關閉不全。
傳導阻滯
膜部缺損邊緣的心內膜繼發性纖維化，壓迫鄰近傳導束，產生完全性或不完全性傳導阻滯
