的主要危害為腦損害，患兒出生時並無異常，未經特殊的膳食治療，通常在3～6個月時開始出現症狀，1歲時最為明顯。該症以智力發育落後為主，可有行為異常、抽搐，肌張力增高等症狀，最終將造成中度至極重度智力低下，成為家庭與社會的沉重負擔。由於苯丙氨酸代謝異常致黑色素合成不足，所以患兒的毛髮較黃、皮膚和眼虹膜色澤變淺。由於血中蓄積的異常代謝產物經尿排出，因此常有一種令人極不愉快的鼠尿味。此外，患兒常合併溼疹、嘔吐等。
苯丙酮尿症在新生兒期和嬰兒早期多無任何異常，隨生長髮育症狀才逐漸出現，因此本病在於早發現、早治療，以免發生不可逆的神經系統損傷，出生後3個月內治療者效果較好。通過新生兒篩查能早期發現和診斷此病。
治療該症最主要的是食療。在人奶、動物奶以及普通食物中都含有較高的苯丙氨酸，均不適宜餵養患兒，要使用一種特製的低苯丙氨酸奶粉。以後添加的食物應以澱粉，蔬菜和水果等低蛋白食物為主，始終控制血清苯丙氨酸濃度維持在正常水平，這樣就有可能避免腦損害，使智力得以正常發育。膳食治療至少要持續到青春期以後。該症膳食治療費用昂貴，所以最好是預防，避免近親結婚。
