主要是促進孤獨症兒童的社會化和語言發展，儘可能排除患兒的病態行為，如刻板、自傷、侵犯性。一般採用在高度結構化的環境中進行特殊行為矯正。由於患兒的缺陷及其家庭環境的個性差異較大，因此，治療方案應個別化，移植到家裡或其他場合。促進兒童的社會化發育，不宜長期住院，以家庭為基地，通過訓練父母，取得家庭成員的密切合作，以達到行為治療的最佳效果。 藥物治療：目前藥物治療還無法改變孤獨症的病程，只能在一定程度上控制症狀。使用的藥物主要有抗精神病藥物的中樞神經興奮劑、抑鬱製劑、維生素等。
適當教育設施漸受重視的同時，以行為學說為基礎之治療方式亦開始發展，到了一九六O年代中期，制約理論已經廣泛的被運用在多種兒童問題的治療上，而自閉症兒童經由行為治療的隔離、消弱、懲罰、差別增強等方法而改善不當的行為，包括自傷、自我刺激、過動、攻擊行為等。後來操作制約技巧開始運用在自閉症患者其它能力的增進，如生活自理、職能訓練等，甚至更進一步被運用在社會人際互動及語言溝通能力之訓練上。雖然效果卓著，但仍有以下的問題需要考慮：
一、許多的治療研究幾乎都是個案的報告，無法有效的對照。
二、治療進行多數只針對一項行為的特定變化，並未有長遠、具體的影響考量。
三、很少考慮兒童在不同發展階段的需要及個別的差異。
四、行為變化之評量多數在治療場所進行，未考慮能否類化到非治療的其它場所
五、長期的追蹤輔導是相當需要的
對於孤獨症兒童的治療，應做到早發現，早診斷，早干預。由於國內對孤獨症認識較晚，國外很早開展的早期干預在我國才剛剛起步。早期干預是一種有目的、有系統、有組織的教育措施，能使6歲以前發現的孤獨症兒童恢復正常或接近正常，使其智力、社交能力、語言表達能力、生活自理能力等得到不同程度的提高，部分兒童可在學前期進入正常學校學習。
早期干預的主要範圍是兒童的五大行為領域。在運動方面，包括大運動和精細動作，如雙腳同時跳、拍球、串球等，可促進大腦的發育，增強兒童的手眼協調性。在語言方面，包括語言理解、發音和表達。在認知方面，包括視覺認知，如辨別顏色;聽覺認知，如辨別聲音;觸覺認知，如感受冷熱;對數的理解。在生活自理方面，包括訓練他們洗臉、刷牙、穿衣等基本的獨立生活能力。在社會交際方面，鼓勵他們參與集體活動，集體遊戲，糾正與他人交往中不恰當的表達方式：如吐口水、怪叫等;進行社會交往的培養，使其與外界溝通，迴歸社會。
