引起精子成活率低的原因有很多。其中，生殖系統感染、精索靜脈曲張等是主要原因，具體介紹如下。
1、生殖系統感染導致精子成活率低
生殖系統感染會導致生殖系統的炎症，如前列腺炎、精囊炎、附睪炎、尿道炎，這些炎症可引起精液變異，使得精液的酸鹼度、供氧、營養、代謝等均不利於精子活動和存活。如精液中鎂、鋅、檸檬酸、果糖減少和pH值升高都會對精子成活率造成影響。
2、精索靜脈曲張導致精子成活率低
精索靜脈曲張導致睪丸局部因靜脈血液迴流障礙而缺氧，另外靜脈血中前列腺素及5-羥色胺水平增高，都可引起精子成活率降低。精索靜脈曲張造成陰囊溫度升高，也可以使精子成活率低下。
3、抗精子抗體的產生導致精子成活率低
抗精子抗體指的是男性自身產生“自衛”，引起免疫系統產生抗體，令精子凝集或制動，使精子難以生存，從而導致精子成活率低。
4、睪丸發育受阻導致精子成活率低
青春期前垂體分泌的促性腺激素不足，睪丸活組織檢查可見曲細精管由未分化的原始支持細胞和原始生精細胞構成，缺乏間質細胞。表現為睪丸生精上皮不完全成熟或受損變薄，精子質量差，活力減弱。青春期後垂體病變或接受過量雄激素或雌激素治療而導致睪丸萎縮者，睪丸活組織檢查早期改變為固有膜增厚及生精退化，晚期曲細精管硬化，間質細胞萎縮。表現為睪丸小而軟，精液量少無精子。這些都導致了精子成活率低。
5、微量元素缺乏導致精子成活率低
鋅元素是人體必需的微量元素，尤其在睪丸發育、精子形成，以及維持精子活力等方面具有重要意義。硒元素在人體酶系統和免疫系統中舉足輕重，是精漿中谷胱甘肽過氧化物酶的重要成分(此酶可防止精子膜形成過氧化脂質，使精子具備良好的形態和功能)，並能中和鎘、汞對生殖器官的毒性。這兩種微量元素的缺乏都會導致精子成活率低。
6、支原體感染導致精子成活率低
支原體感染精子後，常常附著在精子的頭部和尾部，使整個精子掛滿了大小不等的附著物，致使精子泳動無力，直接影響精子的活力和動力，致使精子質量明顯降低，死亡精子數目明顯增加，導致精子成活率低。
