真菌包括了黴菌和蕈類.多種真菌的孢子在環境中無處不在,空氣中就常常懸浮著這些孢子.在落到皮膚上或被吸入肺部的各種各樣孢子中,有的能引起輕微的感染,僅在罕有的情況下才播散到身體其他部位.
少數幾種真菌,如念珠菌的多數菌株能在人體體表或腸道內正常存活.這些正常機體定居者僅偶爾引起皮膚,陰道或口腔的局部感染,而少有更多的危害.但是,某些真菌株有時可導致肺部,肝臟或身體其他部位的嚴重感染。
對免疫系統受損的人來說,真菌特別易於引起感染.例如,艾滋病患者或正接受抗癌治療的患者更易於發生嚴重的真菌感染.有時,有免疫受損的人發生某些種類真菌的感染,這些真菌很少感染免疫正常的人,但如果發生也會引起損害,如毛黴菌病和麴黴菌病.。