1.腸出血和腸穿孔均多發生於潰瘍期。腸出血嚴重者可引起出血性休克。腸穿孔是傷寒最嚴重的併發症，穿孔多為一個，有時也可多個，且發生在腸脹氣和腹瀉的情況下，穿孔後常引起瀰漫性腹膜炎。這兩種併發症的發生率約為1%～5%。
2.支氣管肺炎以小兒患者併發為多，常因抵抗力下降，繼發肺炎球菌或其他呼吸道細菌感染所致，極少數病例也可由傷寒桿菌直接引起。
3.其他傷寒桿菌可借血道感染其他器官，如骨髓、腦膜、腎(腎實質及腎盂)，關節，但皆少見。膽囊的感染常見且重要，因膽囊炎若成慢性，將長期排出傷寒菌作為本病的傳染源。
在無併發症的情況下，一般經過4～5周就可痊癒，病後可獲得較強的免疫力。敗血症、腸出血和腸穿孔是本病重要的死亡原因。自從使用抗生素治療傷寒以來，病程顯著縮短，臨床症狀也大為減輕，典型的傷寒腸道各期的病變及全身病變已屬少見，但複發率卻有一定的增加。
