1、精神神經因素：患者因環境、家庭、工作，個人生活等各方面原因，身心活動受影響，精神受到創傷，緊張、焦慮、憂鬱等，使機體發生心理、病理、生化代謝等一系列變化、產生失調紊亂而致病。這是常見的引起扁平苔癬的原因。
2、內分泌因素：本病女性患者較多，病情波動與妊娠、更年期以及一些影響內分泌功能的藥物有關，也是常見的引起扁平苔癬的原因。患者雌二醇，睪酮含量多低於正常人。
3、感染因素：自60年代以來許多學者對本病與微生物的關係進行了研究。Thyreason等在病損上皮細胞內發現類似病毒的核內小體，曾認為是致病病毒，但電鏡觀察，表明這種核內小體是病損區細胞核膜的橫切面，繫上皮細胞內非特異性結構，並非病毒顆粒。這是扁平苔癬的原因中比較常見的一種。
發病機制：
1、自身免疫，扁平苔蘚伴發某些自身免疫病，朗格漢斯細胞和角朊細胞等輔助細胞參與了這些反應，使T細胞活化，增殖，且向表皮移動，其產生的某些細胞因子，淋巴毒素及細胞毒T細胞導致了基底細胞的破壞和損傷，從而引起扁平苔蘚的一系列病理變化，有實驗顯示扁平苔蘚中存在CD3 ，CD8 細胞升高，CD4 /CD8 降低，泛發性者CD4 /CD8 明顯降低，有學者應用間接免疫熒光技術在口腔扁平苔蘚患者皮損的表皮中檢測出扁平苔蘚的特異性抗原(LPSA)，血液中檢測到LPSA的特異性抗體，亦有研究表明扁平苔蘚患者有扁平苔蘚特異性抗核抗體，且發現其檢出率依所用底物不同而有所差異，最佳底物是大鼠食管上皮，以黏膜糜爛型檢出率高。
2、近些年來，陸續有報道發現扁平苔蘚患者中丙型肝炎病毒(HCV)DNA的流行率增高，提示HCV在扁平苔蘚的發病機制中起重要作用，皮損中是否存在HCV及其複製仍需進一步研究。
3、有些病例在精神神經症狀改善或消失後皮損會好轉或消退，但有作者通過對照研究，發現在患者和健康人之間神經精神情況無明顯差異。
