1.無菌性腦膜炎、腦膜腦炎、腦炎：是一種常見的併發症，在上海醫科大學附屬兒科醫院報告的腮腺炎各種併發症中，腦膜腦炎佔94.08%。它特別發生於小兒患者，男孩多於女孩。腮腺炎期間腦炎的發病率約為0.3%至8.2%。由於不能對所有流行性腮腺炎患者進行腦脊液檢查，而且在一些病例中從未見到腮腺腫大，因此很難計算出確切的發病率。腦膜腦炎的症狀最早可在腮腺腫大前6天或在腮腺腫大後2周出現，一般傾向於在腫大後1周內出現。急性腦水腫的表現如頭痛和嘔吐更為明顯。預後良好，但個別腦炎病例可能導致死亡。25%-50%的病例可能沒有腮腺腫大。腮腺腫大是一種常見的腦部疾病，其發病率較高，但也有部分病例是由於腦膜炎引起的，因此，在臨床上，腮腺腫大是一種常見的腦部疾病。
2.多發性神經炎、脊髓灰質炎等：偶有多發性神經炎和脊髓灰質炎在腮腺炎後1～3周出現，預後大多良好。腫大的腮腺可能壓迫面神經引起暫時性面神經麻痺。有時會出現平衡失調、三叉神經炎、半身不遂、截癱和上升性癱瘓。偶爾也會因腮腺炎後導管變窄而併發腦積水。
3.耳聾：由聽覺神經受累引起。雖然發病率很低（約1/15,000），但可成為永久性完全耳聾；幸運的是，75%的耳聾只發生在一隻耳朵。
