內鏡治療
內鏡治療是切除直腸息肉最常用方法。一般來說，只有有癌變傾向的息肉，或者導致臨床症狀的息肉才需要考慮內鏡下治療。內鏡治療最適用於有蒂息肉，可以採取的切除方法很多，應根據息肉的部位、大小、形態，有蒂或無蒂等，選用不同的手術方式。近年來，隨著內鏡治療技術的提高，結腸鏡內鏡切除的手段越來越多，適應徵越來越擴大。
一般來說，對於較大的有蒂和亞蒂息肉，直徑2cm的可直接用接高頻電的圈套器套入息肉根部，一次性進行切除。大於2cm的寬基底息肉可分次摘除或用尼龍圈套扎。扁平無蒂息肉可以採用內鏡下黏膜切除術(EMR)方法切除，在基底部粘膜下層分點注射腎上腺素鹽水，待病變隆起後，即圈套切除，既可預防出血和穿孔，又達到了治療的目的;近年來，越來越多醫生採用內鏡黏膜下剝離(ESD)技術，甚至可以完整切除5到10cm的扁平息肉。對於小於0。5cm 的息肉，直接用活檢鉗鉗取切除，有時候也用氬氣激光電凝的辦法治療，安全快速。內鏡切下的息肉一般要收回，並送病理檢查。內鏡下息肉切除術一般是安全的，但是也會有一些併發症的風險，最常見的併發症有：腸穿孔，內鏡下直腸息肉切除過程中可能把整個腸壁切穿，導致腸內容物進入腹腔，病人出現氣腹，腹痛，感染等。比較小的穿孔有可能通過內鏡用金屬夾封閉，大的穿孔需要急症手術治療。息肉切除術後出血也是常見併發症，絕大部分的出血可以通過內鏡進行止血而避免挽救性手術。
手術治療
對於腺瘤性息肉，或者不明原因息肉，當內鏡下無法切除或者切除不成功時，需要手術治療。根據息肉的性質，病變大小以及距離肛門的遠近有不同的手術切除方法。大部分的直腸息肉可以從肛門切除。
對於直腸息肉患者中的腹瀉病人，可給予緩瀉藥物，口腹複方苯乙哌啶，易蒙停等，還可用甲硝唑等保留灌腸。腹痛者，予以解痙鎮痛藥物治療，肌注阿托品或口服普魯苯辛等藥物治療。便血者可用止血藥物，如止血定、維生素K、安絡血、立止血等。
