1.敗血症性腦膜炎 其中最容易混淆的是流感嗜血桿菌腦膜炎,因為它多見於2歲以下兒童,而且腦脊液細胞數有時不是很高。其次是腦膜炎桿菌腦膜炎和肺炎桿菌腦膜炎。除了結核病接觸史、結素反應和肺部X線檢查來幫助診斷外,檢查腦脊液也很重要,當細胞數高於1000×106/L(1000/mm3),且分類以中性多形核粒細胞為主時,應考慮化膿性腦膜炎;但更重要的是細菌學檢查。
2.病毒性中樞神經系統感染 主要是病毒性腦炎、病毒性腦膜炎和病毒性脊髓炎,可與結節性腦炎混淆,其中散發的病毒性腦炎比流行性腦炎更需要加以區別。