1、早期診斷依靠詳細詢問病史包括密切接觸史及BCG接種史，周密的臨床觀察及對本病的高度警惕性。凡有結核病接觸史，結素反應陽性或已有結核病的小兒，當出現下列症狀時，如性情改變、輕微發熱、頭痛、抽搐、無原因嘔吐、頑固性便秘或嗜睡及煩躁相交替時，應考慮到本病的可能性。
2、臨床表現皮膚粟粒疹的發現對診斷有決定性意義。眼底檢查對診斷亦有幫助。眼脈絡膜上發現結核結節與肺X線片中見到粟粒型肺結核有同等的價值。
3、胸部X線攝影對診斷有幫助根據1180例結腦患兒X線檢查，顯示有活動性肺結核者達86.9%，其中屬於粟粒型肺結核者454例，佔活動性肺結核的44.2%。但需注意亦有8.6%患兒肺部正常，這些都年長兒童。
4、對可疑為本病的小兒應早做結素試驗陽性反應對診斷有助，但結腦患兒對結素反應有時較弱，因此OT0.1mg或PPD5IU不引起反應時，應以OT1～2mg或PPD250IU的劑量複試。
5、腦CT檢查北京兒童醫院自1986～1992年對50例結腦患兒做腦CT檢查發現。結腦CT所見異常與我院過去152例病理檢查結果極為相似，說明腦CT檢查對結腦診斷有意義。
6、腦電圖檢查急性期患兒絕大多數腦電圖異常，表現為瀰漫性δ(3周/秒以下)及θ(4～7周/秒)慢活動，不對稱。可見不對稱偶發尖式棘、尖-慢、棘-慢等現理波。於合併結核瘤或局部腦梗塞時可見佔位性或局灶性改變;表現為局部δ波。但腦電圖的改變無特異性，僅可作為臨床的輔助診斷，而對病原的鑑別診斷方面意義不大。而對隨訪治療效果、判斷預後及後遺症有幫助。
7、最可靠的診斷根據是從腦脊液查見結核桿菌應儘量爭取在未進行治療以前認真檢查。將腦脊液靜置後形成的蛋白膜固定於玻璃上作耐酸染色，可查到結核桿菌。曾統計50例腦脊液留膜檢查結核桿菌陽性率高達54%。除用直接塗片檢查外，還可用腦脊液沉澱作病理切片檢查、進行腦脊液培養或豚鼠接種。
