(一)發病原因
尚未完全闡明，一般認為和病毒感染有關。證據有：
1.發病前患者常有上呼吸道感染史，發病常隨季節變動、且具有一定的流行性。
2.患者血中有病毒抗體存在(抗體的效價高度和病期相一致)，最常見的是柯薩奇病毒抗體，其次是腺病毒抗體、流感病毒抗體、腮腺炎病毒抗體等。雖然已有報告，從亞急性甲狀腺炎患者的甲狀腺組織中分離出腮腺炎病毒，但亞急性甲狀腺炎的原因是病毒的確實證據尚未找到。
另外，中國人，日本人的亞急性甲狀腺炎與hla-bw35有關連，提示對病毒的易感染性具有遺傳因素，但也有患者與上述hla-bw35無關。
(二)發病機制
目前認為本病的病因多與病毒感染有關。因為常在本病發病前有上呼吸道感染病史，或感冒病史或腮腺炎病史等，患者可常有發熱、咽痛、周身不爽、乏力及肌肉痠痛等症狀，且白細胞數不增多。從患者甲狀腺組織中可檢出腮腺炎病毒等，並且可治患者血中檢出多種病毒的抗體，如柯薩奇病毒、流感病毒、腺病病毒及腮腺炎病毒抗體等，少數無特殊感染史的患者可檢出其他病毒及抗體等，且其滴度的高低變化多與病程有關。
本病屬於自身免疫性疾病的看法也有存在，因為有報告35.1%～42.0%的患者可檢出抗甲狀腺抗原抗體和抗微粒體抗體，但其滴度都不高，很可能系亞急性甲狀腺炎損傷所致，尚不能肯定是其病因，只能說明在亞急性甲狀腺炎時存在有暫時性的免疫系統功能障礙，仍有待深入研究。
