亞急性甲狀腺炎有多種治療措施，包括硫脲類藥、促甲狀腺激素及抑制劑量的甲狀腺激素。採用這些藥物影響疾病過程的證據尚不能令人認同。
治療包括兩方面：減輕局部症狀和針對甲狀腺功能異常影響。
一般來說，大多數病人僅對症處理即可。對輕型病例採用阿司匹林或其他止痛藥。如用對乙酰胺基酚或用水楊酸鹽可控制症狀;病情嚴重病例，如疼痛、發熱明顯者可短期用其他非類固醇抗炎藥，或應用糖皮質類固醇激素，如潑尼松，可迅速緩解臨床表現，約有5%的患者需用皮質激素來減輕症狀，持續用藥1～2周甚或4～8周以後減少藥量，共用6～8周。如病人在用潑尼松24～48h無反應，亞急性甲狀腺炎的診斷應再評定。
在治療中隨查血沉改變，可指導用藥如病情需要，再次開始用潑尼松仍然有效，然而皮質激素並不會影響本病的自然過程，如果皮質激素用後撤減藥量過多、過快，反而會使病情加重。
也有人提出，如果糖皮質激素連續使用，所用劑量以使病人不出現症狀，直至其放射性碘攝取率恢復正常，可能避免病情復發病人伴有甲狀腺功能亢進時一般不採用抗甲狀腺藥治療，通常採用非特異的藥物，如口服阻滯劑普萘洛爾。因本病伴甲亢是暫時的，且甲狀腺攝碘率低不是放射碘治療的指徵。這些藥破壞甲狀腺激素的合成，但亞急性甲狀腺炎血中過多的甲狀腺激素是來源於被破壞了的濾泡漏出的T4和T3，而不是由於合成和分泌增多所致，無需使用硫脲類抗甲狀腺藥。本病的甲減期也常是暫時的，通常甲減症狀不多，所以不需甲狀腺激素替代治療，此時TSH分泌增加對甲狀腺功能的恢復是重要的。除非病人甲減症狀明顯，甲狀腺激素治療應當禁忌。
伴甲減病情輕者無需處理。但也有人主張有甲狀腺功能低減時，可用甲狀腺製劑如L-型甲狀腺素鈉，可防止由TSH升高引起的病情再度加重。病情較重者，可用甲狀腺激素替代一段時間。約有10%的患者可發生永久性甲狀腺功能低減，需要長期甲狀腺替代治療有稱中藥對本病急性期有較好的治療效果。
