腎結石症狀通常取決於結石的大小、有無繼發感染及梗阻的程度。結石無感染時，可長期無症狀，但大多數腎結石患者有症狀。
疼痛和血尿是腎結石的主要症狀。
約75%腎結石患者有腰痛。結石較大，在腎盂中移動度較小時，疼痛多為鈍痛，有時是隱痛。結石小，在腎盂內移動度大時。容易引起腎盂輸尿管聯接部的梗阻而出現腎絞痛。腎絞痛是一種突然發生的嚴重疼痛，從腰部開始，沿輸尿管向下放射至膀胱。痛呈陣發性，一般持續數分鐘，亦可長達數小時，並有噁心嘔吐，有時病人面色蒼白，大汗淋漓，呈虛脫狀態。
血尿是第二個重要症狀，疼痛和血尿相繼出現是腎和輸尿管結石的特點;尤其是體力活動較多時，如勞動、運動、騎馬和乘車時突然發生疼痛和血尿。但血尿一般較輕，有時肉眼不能看出，但幾乎每個病例都能在顯微鏡下見到從少數到多數紅細胞，因此尿的顯微鏡檢查很重要。
一部分患者在臨床上並無結石病的典型疼痛及血尿，而因泌尿系感染的症狀就醫。在這一類患者中如不追究引起感染的原發病因，不做泌尿系平片及靜脈泌尿系X線造影檢查，就容易忽略結石的存在。
腎結石患者有時存在排結石的病史，這種情況有助於診斷。雙側腎結石引起梗阻，可出現急性無尿。有時由於腎反射，腎結石可引起對側腰痛。
