1.飲食不足
嬰兒進食太少時，消化後液體吸收餘渣少，致大便減少、變稠。奶中糖量不足時腸蠕動弱，可使大便乾燥。飲食不足時間較久引起營養不良，腹肌和腸肌張力減低，甚至萎縮，收縮力減弱，形成惡性循環，加重便秘。
2.食物成分不當
大便性質和食物成分關係密切。如食物中含大量蛋白質，而碳水化物不足，腸道菌群繼發改變，腸內容發酵過程少，大便易呈鹼性，乾燥，如食物中含較多的碳水化物，腸道發酵菌增多，發酵作用增加，產酸多，大便易呈酸性，次數多而軟，如食入脂肪和碳水化物都高，則大便潤利。如進食大量鈣化酪蛋白，糞便中含多量不能溶解的鈣皂，糞便增多，且易便秘。碳水化物中米粉、麵粉類食品較穀類食品易於便秘。小兒偏食，許多小兒喜食肉類，少吃或不吃蔬菜，食物中纖維素太少，也易發生便秘。
3.腸道功能失常
生活不規律和缺乏按時大便的訓練，未形成排便的條件反射導致便秘很常見。另外學齡兒童常因無清晨大便的習慣，而學習時間不能隨時排便，上課時憋住大便也是導致便秘的常見原因。常用瀉劑或灌腸，缺少體力活動，或患慢性病如：營養不良、佝僂病、高鈣血癥、皮肌炎、呆小病及先天性肌無力等，都因腸壁肌肉乏力、功能失常而便秘。交感神經功能失常、腹肌軟弱或麻痺也常使大便秘結。服用某些藥物可使腸蠕動減少而便秘，如抗膽鹼能藥物、抗酸劑、某些抗驚厥藥、利尿劑以及鐵劑等。
4.體格與生理的異常
如肛門裂、肛門狹窄、先天性巨結腸、脊柱裂或腫瘤壓迫馬尾等都能引起便秘。應進行肛門指檢、下部脊柱和會陰部檢查。有的患兒生後即便秘，如有家族史，可能和遺傳有關。
5.精神因素
小兒受突然的精神刺激，或環境和生活習慣的突然改變也可引起短時間的便秘。
