1、先天性感染 約10%患兒在出生後有明顯症狀，表現為肝脾腫大、持續性黃疸、皮膚瘀點、小頭畸形、脈絡膜視網膜炎、智力低下和運動障礙等。上述任何一項表現都可單獨存在，並可伴有生長緩慢、煩躁、有時發熱，體溫自微熱至40℃。
但因出生時僅有一小部分患兒有臨床症狀，故多數不能確定診斷。如生後數月至數年才出現症狀者，也可表現為聽力喪失，輕度神經系統症狀及發育障礙，以致影響學習。先天性鉅細胞包涵體病患兒，可出現各種先天畸形，可有痙攣狀態、兩側癱瘓、癲癇樣抽搐、視神經萎縮、耳聾(約10%患兒發生耳聾)，並可對細菌感染的敏感性增加。
有的無症狀先天性CMV感染的患兒，雖體格發育正常，仍可有先天畸形及聽力損害，但其發生率和嚴重程度均低於有症狀的患兒。
2、獲得性感染 本病為自限性疾病，臨床表現一般較輕，雖然多數嬰兒為亞臨床感染，但其症狀的發生率仍較成人為高，表現為肝、脾和淋巴結腫大、皮疹、支氣管炎或肺炎等，也可出現肝炎。與先天性感染患兒不同者為神經系統極少被侵犯。兒童期感染常通過呼吸道獲得，常為不顯性，但成為長期帶毒者，偶可出現遷延性肝炎或間質性肺炎。
多次接受新鮮血液輸血的患兒，也可發生此病，其表現可酷似傳染性單核細胞增多症，但EB病毒衣殼抗原的嗜異凝集反應和IgM抗體始終陰性，也可引起溶血性貧血或感染性末梢神經炎。不顯性CMV感染的激活常發生於各種因素使機體免疫力降低的情況下，可使潛在的病毒感染被激活而發病。這些因素包括妊娠、器官移植，應用免疫抑制劑或抗代謝藥物、外科手術、巨血病、腫瘤等，可出現肺炎、肝炎視網膜炎。
間質性肺炎是骨髓移植受者CMV感染最嚴重的後果，其發生率達40%，病死率達90%。AIDS患兒具有較高的CMV感染率，其特點是遷延的病毒血症，病情呈進行性發展，常為最常見的死因。
