1.一般病毒性腦炎的治療應密切觀察神志、體溫、呼吸、脈搏、血壓等的變化，加強護理，一旦發生改變，即應處理;注意糾正水、電解質及酸鹼平衡紊亂，保證營養供給，防止壓瘡發生。驚厥時應防止窒息，避免墜床或舌咬傷。重症患兒應在PICU監護治療。
2.對症治療
(1)控制高熱：給予物理降溫或化學藥物降溫。
(2)及時處理顱內壓增高和呼吸循環功能障礙。對於顱內壓明顯增高的重症患兒，病毒性腦炎的治療中積極降低顱內壓非常重要。.一般選用20%甘露醇，0.5～1. 5g/kg，每4～8小時1次，必要時可聯合應用呋塞米、白蛋白、糖皮質激素等。出現呼吸功能障礙時則應予以氧氣療法，必要時予以機械通氣。
(3)控制驚厥：可予以止驚藥物，病毒性腦炎的治療可用地西泮靜脈注射，每次0.2～0.3mg/kg或1mg/min，靜脈緩慢推注。必要時15分鐘後重復1～2次，劑量可遞增至0. 3～0.4mg/kg，但每次總量不超過l0mg。也可選用氯硝西泮，0.03～0.05mg/kg，每日總量0.1t-0.15mg/kg，其作用強於地西泮，維持時間長，但有呼吸道分泌物增多、肌張力明顯低下、嗜睡及抑制呼吸等副作用。
3.病因治療
①對於單純皰疹病毒腦炎，病毒性腦炎的治療早期應用阿昔洛韋治療有較好療效，10～30mg/kg，一次最大量不超過800mg，靜脈注射，每8小時1次，14～21天為一個療程。
②利巴韋林具有廣譜抗病毒作用，對DNA、RNA型多種病毒均有顯著抑制作用，如對單純皰疹病毒、乙腦病毒、腺病毒等均有抑制作用。常用劑量為10～15mg/(kg.d)，靜滴，療程1～2周。
③更昔洛韋能對抗所有的皰疹病毒，對CMV有強抑制作用。是目前治療CMV感染的常用藥物，有效率在80%以上。
④αγ干擾素、靜脈免疫球蛋白、中藥等可用於病毒性腦炎的抗病毒治療。
