一、生理上的原因。女性的子宮內膜在正常情況下是在子宮腔內生長的，隨著女性每個月生理期的到來，子宮內膜剝落，又開始增厚、生長。在這種情況下，女性的子宮就會變得越來越小。"在這種情況下，女性的子宮就會變得越來越小。
第二，內分泌因素：這個因素是導致卵巢囊腫的常見原因。卵巢雖小，但卻是產生卵子和排卵的重要器官，內分泌激素，平衡內分泌，多發生在內分泌旺盛的育齡期。因此，人們認為它與內分泌失調有關。另外，來月經的時候生氣，一生氣就沒了月經，造成垃圾排出，卵巢內形成囊腫。
第三，分娩、多次人工流產等：巧克力囊腫主要是由於月經期間子宮內膜碎片因排洩不暢而從子宮壁脫落，不能全部從陰道排出，有少量通過輸卵管倒流到盆腔。凡是能影響經血從陰道流出的，包括陰道閉鎖、宮頸口狹窄、子宮後傾、多次人工流產後宮頸口粘連、經期性交等，都能促進巧克力囊腫的發生。
四、頻繁的性生活：頻繁的性生活也是導致卵巢巧克力囊腫的重要原因，一般發病多在青春期少女或更年期婦女，這與她們頻繁的性生活有很大關係。
五、輸卵管堵塞：每個月卵巢裡的卵泡沒有受精就變成廢品垃圾也要排洩出來，必須靠身體液壓把這些垃圾擠出來，由於你的功能降低，加上輸卵管有堵塞現象，垃圾排不出來，卵子堆積在卵巢裡，形成巧克力囊腫。
六、壓力過大：這是導致卵巢巧克力囊腫的主要原因，長期的精神壓力，會造成植物神經紊亂，影響人體的內分泌調節，使卵巢功能過早衰退，雌激素的分泌減少，從而使更年期提前到來。
