1.假陰莖短小症：指陰莖在非勃起狀態下，雖然長度小於5cm，但在勃起狀態下卻能顯著地延長、增粗2~3倍，且不影響性生活。
2.潛伏陰莖：指陰莖雖貌似短小，但用手向後推壓陰莖旁皮膚時，可露出正常大小的陰莖。
3.天宦：陰莖短小，且睪丸及男性第二副性徵發育不全，染色體組型為47，XXY等。
4.陰莖陰囊融全(蹼形陰莖)：指陰囊皮膚向前擴展呈薄皺壁樣達陰莖腹側，成年後影響性生活者為蹼形陰莖。
5.縮陽證：指突然發病，陰莖並陰囊上縮，伴有陰莖陰囊劇痛，汗出，心悸者。卻陰莖及副性徵發育均正常。
有些人老是認為自己的陰莖短小，其實都是因為自己的不當和心理因素造成的，需要對陰莖短小進行鑑別診斷。無論疲軟時陰莖較大或者較小的人，在陰莖充分勃起後，陰莖的大小都不相上下。換句話說，疲軟時較小的陰莖勃起的比率比較大，而較大的陰莖勃起的比率比較小。對於那種確實陰莖短小、特殊工作者以及那些因陰莖短小而影響性生活的朋友，可以選擇陰莖延長手術進行治療。
