晚期的膽總管癌病人，一般採用肝管空腸吻合或圓韌帶徑路肝內膽管空腸吻合術，以及各種內、外引流手術。亦可採用非手術的膽管置管外引流和內置管引流術，特別是在一些年老體衰，不能經受手術的晚期的老年病人。但非手術置管引流後期，有更多的病人頻繁發生膽管炎，造成處理上的困難和影響生活質量，故在可能的情況下，應採用手術方法引流膽汁。1.切口：一般為右肋緣下斜切口，若需引流左側肝管，切口應延伸至左上腹部。
2.膽管上段癌或肝門部膽管癌當引起嚴重的梗阻性黃疸時，手術前應根據影像學檢查，選擇有代償功能的一側肝臟引流其肝內膽管，否則將達不到改善肝功能、降低血清膽紅素的目的。為了達到較徹底的引流，常常需同時分別引流左、右肝管。
3.中、下段膽管癌：當腫瘤未侵犯肝總管時，可於腫瘤上緣切斷肝總管，下端關閉，上端與曠置空腸襻行Roux-en-Y吻合術。當腫瘤侵犯肝總管及左右肝管時處理同肝門部膽管癌。
4.肝門部膽管癌內引流術：內引流術是指在腫瘤以上的肝內、外膽管與曠置空腸襻吻合術，吻合口應該遠離腫瘤部位，以免發生阻塞。肝內、外膽管空腸內引流術是手術時對不能切除的肝門部膽管癌病人首先選擇的方案，它可以減少長期帶管、大量膽汁流失、膽道感染等給病人造成的不便和痛苦。肝管分叉部的腫瘤梗阻，可同時引流左、右側肝內膽管;若一側肝葉已纖維化萎縮，而對側肝葉增大代償，此時單獨引流代償側的肝管便可達到目的。
(1)左側肝內膽管空腸吻合術，經典的手術方法是Longmire術式，此術式創傷大。目前常用的方法是圓韌帶徑路，左外葉下段支肝管(Ⅲ段肝管)曠置空腸襻Roux-en-Y吻合術。
(2)右側肝內膽管空腸吻合，肝門部膽管癌起源以偏於左肝管較多，故需要引流右側肝內膽管系統才能收到較好的效果。
右側肝管曠置空腸襻吻合術時，首先需要尋找一較粗的肝內膽管分支以供吻合，但右側肝內膽管分支的位置不像左側那樣恆定。最常用的方法是經膽囊床的肝右前葉肝管下段支切開與膽囊十二指腸或曠置空腸襻Roux-en-Y吻合。根據肝門部的解剖，右肝管的前下段支在膽囊床處只有1~2cm的深度，當肝內膽管擴張時，很容易在該處切開，並將切口擴大以供吻合，此處尋找肝內擴張膽管時，防止切開中肝靜脈引起大出血。手術時首先遊離膽囊，注意保存其血液供給，隨後，膽囊亦可以留作為一間置物，將膽囊與右肝內膽管吻合後，再與曠置空腸襻Roux-en-Y吻合，或與十二指腸吻合，以減少手術上的困難。
無論是在施行左側或右側肝內膽管的內引流術之前，必須有一組PTC或MRCP肝內膽管造影照片，並採用不同的角度投照，以明確顯示欲選擇的肝內膽管的解剖位置和其擴張的程度。肝臟的CT照片亦是一項重要的影像材料，它有助於對肝內膽管和手術徑路的選擇。
5.置管引流術：肝門部膽管癌可用內置管引流，即將腫瘤的阻塞部擴張之後，分別向左、右肝管置入導管，導管遠端置於膽總管內，縫合膽總管上切口，保存 Oddi括約肌，或導管遠端置於上段空腸內。此手術方法可獲得較好早期效果，病人的生活質量亦較好。但是，內置管經3~6個月後，常易被膽色素沉渣所堵塞，因而可能發生反覆發作的膽管炎及黃疸，需要再次處理。
6.PTCD或ERBD置管引流術：以PTCD或ERBD置管引流，一般只用於晚期不宜手術探查的患者。首先擴張腫瘤狹窄段膽管，然後在狹窄處放置記憶合金支架，使梗阻近端的膽汁經此導管流入十二指腸。亦可直接將PTCD導管通過腫瘤狹窄段膽管，起到內、外引流的作用，但內置管經常易被膽色素沉渣所堵塞，反覆發生膽管炎，需要經常處理，而外引流口感染、疼痛反而增加患者痛苦。兩者均不能有效地延長患者的生存時間和改善生活質量。
