潛伏期3～6天。多數受染者症狀較輕，可僅表現為發熱、頭痛、輕度蛋白尿等，持續數日即恢復。重型患者只發生在約15%的病例。病程經過可分為4期。
1.感染期 急起高熱伴有寒戰、劇烈頭痛及全身痛，明顯乏力、食慾不振、噁心、嘔吐、腹瀉或便秘等。患者煩躁不安，結膜充血，面、頸潮紅。心率與發熱平行，以後轉為相對心搏徐緩。本期持續約3天，此時病毒在血中達高滴度，成為蚊蟲感染的來源。期末可有輕度黃疸、蛋白尿。
2.緩解期 發熱部分或完全消退，症狀緩解，持續數小時至24h。
3. 中毒期 發熱與症狀復現，且更加重。此期毒血癥消退，出現肝、腎、心血管功能損害以及出血症狀。血清膽紅素明顯升高，凝血酶原時間延長，蛋白尿、少尿與氮質血癥的程度和病情成正比。本期突出症狀為嚴重的出血如齒齦出血、鼻出血、皮膚黏膜瘀斑、胃腸道、尿道和子宮出血等。心臟常擴大，心搏徐緩，心音變弱，血壓降低。常伴有脫水、酸中毒，嚴重者出現譫妄、昏迷、尿閉、頑固性呃逆、大量嘔血、休克等。本期持續3～4天或2周。常在第7～10天發生死亡。
4.恢復期 體溫下降至正常。症狀和蛋白尿逐漸消失，但乏力可持續1～2周或更久。此期仍需密切觀察心臟情況，個別病例可因心律不齊或心功能衰竭死亡。存活病例一般無後遺症。
