病的潛伏期一般在1個月左右。按其病程和主要臨床表現可分為急性期、慢性期和晚期三期。
(1)急性血吸蟲病：大多見於初次大量感染者，以夏秋季為多，起病較急，以發熱等全身症狀為主。
①發熱：患者均有發熱，在38℃～40℃之間，熱型以間歇熱、弛張熱為多見，其次為不規則熱。熱度下午或晚上較高，可達40℃，伴畏寒，清晨汗出熱退，發熱可持續數日至3 ～4個月不等。重者常有神志淡漠，聽力減退，甚至譫妄、昏迷。較久者常有消瘦、貧血及營養不良性水腫等。
②過敏反應：以蕁麻疹為常見，多見於發熱期，廣泛分佈或僅侷限於四肢，時發時愈，持續數日或2周。可伴有血管神經性水腫、淋巴結腫大與壓痛等。血中嗜酸性粒細胞顯著增多。
③腹部症狀：半數以上患者有腹痛、腹瀉，多見於中等度熱及高熱者。腹瀉每日2～5次，糞便稀薄，可帶血和粘液，部分患者可僅有便秘。腹痛和壓痛可侷限，也可廣泛。重度感染者由於蟲卵在結腸漿膜層和腸繫膜內大量沉積，可引起腹膜刺激徵、腹部飽滿有柔韌感和壓痛，類似結核性腹膜炎。
④肝脾腫大：肝腫大，壓痛，以左葉明顯。半數以上有輕度脾腫大。
(2)慢性血吸蟲病：流行區居民自幼與河水接觸，小量反覆感染，大多數表現為慢性血吸蟲病。但也有部分急性患者，未經治療或治療不徹底遷延而成慢性血吸蟲病。無症狀者僅在普查時發現，有症狀者以腹痛、腹瀉、消瘦、貧血、乏力、勞動力減退等為常見。大便每日多次，帶血性粘液，伴裡急後重，類似慢性菌痢。肝腫大以左葉較明顯，肝表面光滑，質稍硬。脾也逐漸增大，一般肋下2～3cm。
(3)晚期血吸蟲病：臨床上主要按其體徵等將晚期血吸蟲病分為巨脾型、腹水型、結腸增殖型、侏儒型，同一患者可兼有兩種或兩種以上的類型。
①巨脾型：患者常主訴左上腹有逐漸增大的塊物，伴重墜感，95% 以上患者肝脾均腫大，但以脾腫大尤為顯著，可達臍或臍下，並越過中線，甚者可達盆腔。脾質堅硬，表面光滑，內緣有明顯切跡。本型患者肝功能可處在代償期，一般情況尚佳，食慾良好，多數患者尚保存部分勞動力。
②腹水型：患者訴腹脹，腹部膨隆似青蛙腹，四肢細小。腹水可反覆消長或逐漸加劇，病程長者可達10～20年，某些患者的腹水較明顯或伴有下肢水腫。
③結腸增殖型：患者除晚期血吸蟲病表現外，腸道症狀較突出，如原因不明的腹痛、腹瀉、便秘、大便變細或不成形及不全性腸梗阻與左下腹痞塊等。
④侏儒型：兒童期反覆感染血吸蟲後，可嚴重影響生長髮育，除血吸蟲病表現外，患者身材呈比例性矮小，面容蒼老，發育障礙，性器官不發育，第二性徵缺如，但智力無減退。
