宮頸尖銳溼疣：對宮頸外生性疣的患者，在開始治療之前，需要確定 HPV 型別、明確 CIN 的等級、行脫落細胞學檢查並且活檢瞭解病灶是否存在癌變情況。宮頸外生性疣應請婦科專家會診。確診的低危型宮頸尖銳溼疣可採用 CO2 激光、微波等治療方法，也可用 30%-50% 三氯醋酸溶液治療。
陰道尖銳溼疣：液氮冷凍治療(不推薦用冷探頭，因可能有陰道穿孔及瘻管形成的危險)，也可選擇高頻電刀、C〇2 激光、微波等治療方法。
尿道尖銳溼疣：液氮冷凍治療或 10%-25% 鬼臼樹脂安息香酊。疣體塗藥，待其乾燥，然後才能與正常黏膜接觸。如有必要，1 周重複 1 次。儘管對應用鬼臼毒素和咪喹莫特治療尿道口遠端疣的評估資料有限，一些專家還是主張在一些患者中應用這種治療。光動力療法在尿道尖銳溼疣的治療上有獨特的效果已被國內多項實驗所證實。
肛周疣：液氮冷凍治療，或 30%-50% 三氯醋酸：只在疣體上塗少量藥液，待其乾燥時可見表面形成一層白霜，然後用或酸或液體中的酸液。有要，1-2 周後重復 1 次，最多 6 次。手術治療：部分肛周疣的患者同時伴有直腸疣，應進行直腸指檢和(或)肛鏡檢查。直腸疣的處理應請肛腸科專家會診。
光動力療法：單個疣體直徑<0.5cm，疣體團塊直徑<1cm 者可直接採用光動力療法治療，超出以上疣體大小建議採用其他物理療法聯合光動力療法治療，合併有直腸疣時可單獨採用光動力療法配合柱狀光源或採用物理方法聯合光動力療法治療。
肛門內疣：需性病和肛腸專科醫生共同診療。肛門部疣有時伴發直腸黏膜疣，對肛門部疣的患者應常規檢查直腸黏膜，可採用肛門指診、常規肛鏡、高分辨肛鏡。
巨大尖銳溼疣：多采用聯合治療方案。在治療前需做病理活檢明確組織是否發生癌變。首要的治療是去除疣體，可以選擇手術或者高頻電刀切除疣體，然後配合光動力治療或外用藥物治療。
亞臨床感染：對於無症狀的亞臨床感染尚無有效的處理方法，一般也不推薦治療，因為尚無有效方法將 HPV 清除出感染細胞，且過度治療反而引起潛在不良後果。處理以密切隨訪及預防傳染他人為主。對於醋酸白試驗陽性的可疑感染部位，可視具體情況給予相應治療(如激光、冷凍)。有研究提示，光動力療法可能對亞臨床感染有效。
