查加斯病可按自然病史分為急性期、隱匿期和慢性期3個階段。
1.急性錐蟲病 錐蟲進入人體以後，即開始繁殖，並在體內廣泛播散，但感染者中只有不足10%可發生急性錐蟲病，以幼童最常發生，且症狀比成年人嚴重，主要表現為發熱、肌痛、出汗、肝脾腫大、心肌炎及其併發的心力衰竭，偶有腦膜腦炎等。大多數病人臨床症狀可於數月後緩解，病死率約10%。
2.隱匿性錐蟲病 隨後疾病進入無症狀的隱匿期，此期常可出現心電圖變化。目前認為心電圖異常是最終發生心肌病以及晚期病死率增高的重要標誌。
3.慢性錐蟲病 在錐蟲感染後平均約20年左右，約30%感染者可出現慢性錐蟲病的臨床表現，如心臟增大、心力衰竭、心律失常、血栓栓塞、不典型胸痛、右束支傳導阻滯及猝死等。本病的心肌炎為全心炎，亦可為節段性心肌損害和心室功能障礙，臨床上以室性心律失常、房室傳導阻滯、充血性心力衰竭以及血栓栓塞為其主要表現。
(1)心律失常：本病極易發生室性心律失常，並且是導致猝死最常見的原因。頻發室性期前收縮可為本病惟一的臨床表現，而伴有心臟其他病變者，則無一例外均有室性期前收縮。與其他心肌病相比，本病的室性期前收縮更為頻發，每天可達數萬次，且在一段時間裡持續頻發。有左心室室壁瘤或心功能障礙，或兩者兼有的病人，室性心律失常更為常見。室性心律失常出現的可能性及其嚴重程度與心肌病變的範圍和嚴重程度有關。持續性室性心動過速亦不少見，且多伴有左前分支傳導阻滯或雙束支傳導阻滯，而不是單純的右束支傳導阻滯。心臟傳導系統受累的發生率可達80%，常表現為右束支傳導阻滯，或左前分支傳導阻滯，或兩者兼有，被認為是本病典型的心電圖表現。有研究發現，傳導阻滯似呈進行性加重，從不完全性右束支傳導阻滯轉為完全性右束支傳導阻滯，由左前分支傳導阻滯，最後發展至完全性房室傳導阻滯，後者常見於晚期有心力衰竭的病人。心電圖上出現病理性Q波常提示預後不良;ST段抬高和T波異常通常提示存在室壁瘤。
(2)充血性心力衰竭：是廣泛而不可逆性心肌損傷和心臟結構異常的結果，大多發生於40歲以後，常晚於房室傳導阻滯或室壁瘤出現，為本病的晚期表現。
(3)自主神經功能障礙：本病常在早期出現心血管自主神經功能障礙，主要是由於副交感神經的去神經作用所致，表現為對運動的血流動力學反應遲鈍、直立性低血壓、心率變異性降低以及對壓力反射試驗、阿托品試驗異常。有研究發現，血漿去甲腎上腺素水平與自主神經功能異常的嚴重程度有相關性;也有學者指出，本病的心臟性猝死亦可能與其自主神經功能障礙有關。
心臟的克魯斯錐蟲感染可由心臟組織的病理學檢查或動物接種來證實，但病理學診斷陽性率很低，動物接種不能廣泛應用，且對於晚期病人亦不敏感，故通常還是根據流行病學資料、血清學檢查以及臨床表現綜合考慮做出診斷，主要標準如下(在非流行地區，應更加嚴格執行該標準)：
1.曾在Chagas病流行地區居住過。
2.克魯斯錐蟲的血清學試驗陽性。
3.心臟臨床表現符合Chagas心臟病。
4.各種心臟表現雖可歸因於其他心臟病，但並無這些心臟病的證據。
