1、直接檢查法 急性期可用新鮮血液檢查活動的病原蟲，或用吉姆薩染色檢查厚血塗片，或將血液離心後檢查浮於血凝塊的上清液，查找錐蟲鞭毛體。也可用組織活檢，查找假孢囊內的無鞭毛體。
2、動物接種 確診“金指標”。讓實驗室培養的獵蝽蟲吮吸疑為克魯斯錐蟲感染者的血液4～6周後檢查獵蝽蟲的直腸，可發現錐蟲。此法很特異，只要外周血存在極少量的錐蟲即可確診。
3、聚合酶鏈反應 測血液和組織中克魯斯錐蟲特異的DNA片段。應用此法，要10ml血液中有1個錐蟲就能發現。與動物接種一樣，該法的特異性高達100%，敏感性也很高，甚至可以替代動物接種，但對晚期、慢性Chagas病患者的敏感性尚不理想。
4、血清實驗 是目前臨床上主要的診斷方法，可發現感染者體內存在的抗克魯斯錐蟲抗原的IgG抗體。此種抗體在感染後4～6周出現，並終生存在。儘管此法在診斷上有較高價值，但其滴度與疾病的嚴重程度並無關係，亦無證據表明抗體對疾病的病程有何影響。常用的方法有：補體結合試驗、間接免疫熒光抗體測定以及酶聯免疫吸附試驗等。
5、右心室心內膜心肌活檢 較輕或晚期的病例可採用本法瞭解心肌損害程度，但通常不會發現錐蟲。
6、X線檢查 可顯示巨食管及巨結腸。可發現心臟擴大及特殊的心尖部動脈瘤等徵象。
