（1）細菌性肺炎 發病率為5～15%。本病在流感發病後2～4天或流感恢復後反而進一步加重，出現高熱、劇烈咳嗽、膿痰、呼吸困難、肺部溼囉音和肺部實變徵象。外周血白細胞總數和中性粒細胞明顯增加，以肺炎鏈球菌、金黃色葡萄球菌，特別是耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌、肺炎鏈球菌或流感嗜血桿菌為主。
（2）由其他病原體感染引起的肺炎，包括衣原體、支原體、嗜肺軍團菌、真菌（麴黴菌）等。當流感患者的肺炎沒有得到常規抗感染治療時，應考慮真菌感染的可能性。
（3）其他病毒性肺炎 常見的有鼻病毒、冠狀病毒、呼吸道合胞病毒、副流感病毒等，在慢性阻塞性肺疾病患者中發病率高，可加重病情，臨床上與流感病毒引起的肺炎難以區分，相關的病原學和血清學檢查有助於鑑別診斷。
（4）Reye's綜合徵 偶見於14歲以下兒童，尤其是使用水楊酸類解熱鎮痛藥物如阿司匹林的兒童。主要表現為噁心、嘔吐，退熱後出現嗜睡、昏迷、抽搐和其他神經系統症狀，肝臟腫大，無黃疸，腦脊液檢查正常。發病機制尚不清楚。
（5）心臟損害 心臟損害不常見，主要是心肌炎和心包炎。可見肌酸激酶升高和心電圖異常，而肌鈣蛋白異常很少見，大多可以恢復。嚴重病例可發生心力衰竭。
（6）神經系統損傷 包括腦脊髓炎、橫紋肌炎、無菌性腦膜炎、局灶性神經功能障礙和急性感染性脫髓鞘多發性神經病（Grimballi綜合症）。
（7）肌炎和橫紋肌溶解綜合徵 在流感中很罕見。主要症狀是肌肉無力、腎功能衰竭和CK升高。
