一般來說，在早上的時候，人體經過一個晚上的休息，白天的機體消耗已經恢復，身體機能最旺盛，且已經長時間未進食，急需補充能量。因而，這時候腸胃等消化系統的消化吸收能力是最強的，且這時候吸收的蛋白質不必用於恢復機體，會累積到機體，建議早上食用蛋白粉。
中午的時候，一上午的工作學習，消耗了大量能量，肚子餓了，人體急需補充能量，有進食需求，消化吸收旺盛。但這時跟早上不能相比，這個時候吸收的蛋白質，一部分用於恢復身體機能，另一部分用於補充能量，剩下的才會用於機體累積。此外，有的人午餐吃得比較豐盛，再補充蛋白粉就多餘了，消化不了就是浪費啦。而蛋白質缺乏者，往往是食慾食量都小，午餐都不夠能量消耗，蛋白粉補充進去也是被用作能量消耗了。所以，中午不是最好的補充蛋白粉的時機。
晚上的時候，由於白天的工作學習等活動雖然消耗了人體的物質，也急需補充能量，但是這個時候消化系統能力也是最弱的，加上休眠後，消化活動會很低。所以，晚上食用蛋白粉，有一部分被人體利用補充能力了，另一部分沒能吸收，被浪費掉了。
有些人選擇晚上睡前食用蛋白粉，以提高睡眠質量。至於是否真能提高睡眠質量，這個因人而異。但是，如果有腸胃病史，或是腸胃病正在治療或是恢復期，晚上最好不要食用蛋白粉，此時腸胃消化活動和功能隨著休眠也大幅降低，否則會加重腸胃負擔，更不利於腸胃恢復。
人體空腹的時候，攝取的食物最優先是用來滿足人體能量需求的，然後才是用於機體修復和累積。因而，不要空腹食用蛋白粉，否則會被人體當作能量物質來消化了，浪費蛋白質啦。最好是餐後辦小時再食用,一般早晨後30分鐘食用即可。如果急著工作等，沒空等待，可以先吃完了其他食物再食用蛋白粉即可。
如果是運動員、健身和健美者，由於高強度運動會消耗肌蛋白，對肌肉不利，這就不能拘泥於甚麼時候是最合適了，必須在運動後補充蛋白質，因而，他們可以在運動後半小時食用蛋白粉，以防止蛋白質不足損傷肌肉。
對於素食者和節食減肥者，可以每一頓都適量補充蛋白粉。素食者和節食減肥者往往存在蛋白質不足的問題，因而，建議在日常飲食中每餐都補充一定的蛋白補充劑。飯後或是飯後半小時食用蛋白粉即可。
對於嬰幼兒和身體成長期的青少年，以及營養不足者和需要少食多餐老年人與病人，可以在白天的就餐中每一頓都補充適量的蛋白粉，以彌補人體蛋白不足，促進人體生長或是恢復。飯後或是飯後半小時食用即可。
