脾膿腫的治療應包括全身治療與局部處理兩個方面。全身治療主要包括應用廣譜、高效、敏感的抗生素以及全身支持治療。
一般選擇三代頭孢菌素和甲硝唑聯合用藥，並應注意真菌感染問題。如有細菌學培養結果，則及時調整用藥。脾膿腫的局部治療原則上脾臟如能切除，自應設法切除之，如因脾周圍有過多的緻密粘連而切除不易，也可以考慮膿腫的切開引流。
通常此等病例大概先作左上腹經腹直肌切口進行探查，將會發現脾臟周圍有程度不等的粘連。也可作上腹部的橫切口，以減少術後創口崩裂的危險。粘連能分離者應分離之，然後將整個脾臟予以切除。如粘連過於緻密不易分離，脾臟切除困難，或者病人全身情況差不能耐受手術，則可以在粘連最多之處(一般即是膿腫最表淺部位)進行穿刺，一旦抽得膿液便可在該處切開引流，將引流物從另一腹壁戳口直接引出體外，而原切口則可以一期縫合。應該再強調：脾膿腫以脾切除為上策，切開引流只有在不得已時偶爾為之。
對部分單發膿腫，估計膿液較為稀薄的，可考慮在超聲引導下經皮膿腫穿刺置管引流，並每天用生理鹽水和抗生素沖洗，待症狀、體徵消失，膿腔閉合後，拔除引流管。如引流治療失敗，應及時轉為手術治療。
