1.查治病人和帶蟲者以控制傳染源，特別要發現和治療從事飲食工作的包囊攜帶者及慢性患者，必要時應予鑑別蟲種，決定治療對策。
2.管理糞便，保護水源為切斷阿米巴病傳播途徑的主要環節。因地制宜進行糞便無害化處理，殺滅其中包囊，並嚴密防止糞便汙染水源，應是防制阿米巴病的關鍵措施。
3.注意飲食飲水衛生，養成良好個人習慣，消滅害蟲，搞好環境衛生，防止病從口入，均屬保護易感人群的有力措施。
4.抗蟲治療目前以甲硝咪唑(滅滴靈metronidazole)為急性阿米巴病(包括不同部位的膿腫)的首選藥物，口服吸收良好，副作用少，但到達結腸濃度偏低，單純用於治療帶蟲者的效果並不理想。根治腸阿米巴病應配伍用喹碘方(chiniofon)、碘氯羥喹(vioform)等對腸腔型阿米巴有效的喹啉類藥物。氯喹亦為治療腸外阿米巴病的有效藥物。中藥鴉膽子仁、大蒜素、白頭翁等也有一定療效，且副作用小。
