由囊後滋養體增殖的蟲體群大多在回盲部或少數在乙狀結腸引起原發病灶。除重症者外，原發灶僅侷限於粘膜層，腸窺鏡觀察為稍隆起的充血小灶，中央常有針尖狀潰破口。
在急性病例，增殖的滋養體能突破粘膜肌層，在疏鬆的粘膜下層繁殖擴展，引起液化壞死灶，形成口小底大的燒瓶樣潰瘍。病大小自數毫米至十多毫米不等，若有細菌伴發感染，則鏡檢可見壞死灶的外圍有多量中性粒細胞浸潤。
重症病例則潰瘍可深入肌層，或鄰近的潰瘍互相融合，致使大片粘膜脫落，因而阿米巴潰瘍具有較大穿孔肌層，輕症或亞急性病例的腸壁損害可有粘膜微小潰瘍至肉芽腫樣潰瘍的各種不同類型。
慢性病例由於粘膜增生可出現阿米巴腫(amoeboma)。在腸粘膜下層或肌層的阿米巴滋養體可侵入靜脈，隨血流截留於肝竇，引起繼發性阿米巴病。初起為多發性壞死小灶，與病灶外圍的白細胞浸潤構成肝炎期。根據宿主的機體狀況，其中的一個或偶爾多個小灶融合而發展為肝膿腫。膿腫的中央為含醬色性狀的壞死區，滋養體則聚集在炎症病灶外圍與正常組織交界的部位(膿腫壁)。大的肝膿腫可發展至嬰兒頭顱大小。
此外痢疾阿米巴也可經血路或直接經膈向胸腔穿破入肺而致肺膿腫;侵入縱隔、心包甚至腦、脾等部位引起局部膿腫，但甚為少見。肝膿腫腹壁穿孔部位，手術切口或會陰附近的皮膚也可被侵襲而發生阿米巴皮膚潰瘍;如累及生殖器官則可引起阿米巴性陰道炎或前裂腺炎等。
