膿腫：
肛管直腸周圍膿腫有2大類：一類與肛腺及肛瘻有關，稱為原發性急性肛腺肌間瘻管性膿腫，簡稱瘻管性膿腫，較多見;一類與肛腺及肛瘻無關，稱為急性非肛腺性非瘻管性膿腫，簡稱非瘻管性膿腫較少見;肛瘻大多由前者發展而來。肛瘻多為一般化膿性感染所致，少數為特異性感染，如結核，克羅恩病，潰瘍性結腸炎。直腸肛管外傷繼發感染也可形成肛瘻，直腸肛管惡性腫瘤也可潰破成瘻管，但都很少見，與一般化膿性肛瘻有明顯區別。
性激素：
有人推測性激素的影響是肛瘻發生的主要原因，在青春期，人體自身的性激素開始活躍，隨即一部分皮脂腺，特別是肛腺開始發育增殖，男性較女性增生明顯，由於肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排洩不暢或肛腺管阻滯，則易感染引起肛腺炎，這可解釋男性青壯年為何肛瘻發病率較高，而女性肛腺導管較直，不如男性彎曲，分泌物不易淤積，所以女性肛瘻發病率較低，人到老年，與其他皮脂腺普遍萎縮的同時，肛腺也隨之萎縮，故老年人肛瘻少見。
病原菌：
肛瘻有原發性內口，瘻管，支管和繼發性外口，內口即感染源的入口，多在肛竇內及其附近，後正中線的兩側多見，但也可在直腸下部或肛管的任何部位，瘻管有直有彎，少數有分支，外口即膿腫潰破處或切開引流的部位，多位於肛管周圍皮膚，由於病原菌不斷經內口進入管道，加之管道迂曲行走於內，外括約肌附近，管壁由纖維組織構成，管內有肉芽組織，故經久不愈。
