1.按瘻管位置高低
此種分類方法，臨床較為常用。
(1)低位肛瘻 瘻管位於外括約肌深部以下。可分為低位單純性肛瘻(只有1個瘻管)和低位複雜性肛瘻(有多個瘻口和瘻管)。
(2)高位肛瘻 瘻管位於外括約肌深部以上。可分為高位單純性肛瘻(只有1個瘻管)和高位複雜性肛瘻(有多個瘻口和瘻管)。
2.按瘻管與括約肌的關係
(1)肛管括約肌間型 約佔肛瘻的70%，多因肛管周圍膿腫引起。瘻管位於內外括約肌之間，內口在齒狀線附近，外口大多在肛緣附近，為低位肛瘻。
(2)經肛管括約肌型 約佔25%，多因坐骨肛管間隙膿腫引起，可為低位或高位肛瘻。瘻管穿過外括約肌、坐骨直腸間隙，開口於肛周皮膚上。
(3)肛管括約肌上型 為高位肛瘻，較為少見，約佔4%，瘻管在括約肌間向上延伸，越過恥骨直腸肌，向下經坐骨直腸間隙穿透肛周皮膚。
(4)肛管括約肌外型 最少見，僅佔1%。多為骨盆直腸間隙膿腫合併坐骨肛管間隙膿腫的後果。瘻管自會陰部皮膚向上經坐骨直腸間隙和肛提肌，然後穿入盆腔或直腸。這類肛瘻常因外傷、腸道惡性腫瘤、Crohn病引起，治療較為困難。
