一、國內分類：
1、低位肛瘻
低位單純性肛瘻：內口在肛隱窩，僅有一個瘻道通過外括約肌皮下部或淺部，與皮膚相通。
低位複雜性肛瘻：有兩個以上內口或外口，肛瘻瘻道在外括約肌皮下部和淺部。
2、高位肛瘻
高位單純性肛瘻：內口在肛隱窩，僅有一個瘻道，走行在外括約肌深層以上。
高位複雜性肛瘻：有兩個以上外口，通過瘻管與內口相連或並有支管空腔，其主管通過外括約肌深層以上。
二、arks分類：
肛瘻的分類取決於瘻管與肛門括約肌的關係，分為：括約肌間型、經括約肌型、括約肌上方型、括約肌外型。當瘻管穿越外括約肌的30～50％以上（高位括約肌間、括約肌上方、括約肌外方），女性前側瘻管，多個瘻管，複發性瘻管，或伴有肛門失禁，或治療後可能引起肛門失禁的肛瘻均認為複雜性肛瘻。
