1、克羅恩病肛瘻
在全身治療的同時儘量以保守治療為主。無症狀的克羅恩病肛瘻無需手術治療；低位克羅恩病肛瘻採用瘻管切開術；。口病明醫治療瘻，臨床詳細的病史和局部肌深層以上。侵犯恥骨直腸肌複雜性克羅恩病肛瘻可長期虛掛線引流作姑息性治療。如直腸粘膜肉眼大體正常可採用推移直腸黏膜瓣閉合內口。
2、結核性肛瘻
需結合全身抗結核治療（異煙肼、利福平、乙胺丁醇、鏈黴素等）配合中藥局部使用（包括中藥膏劑及坐浴），其成分主要有：黃柏、紫草、馬齒莧、苦參、白芷、當歸、枯礬、乳香、沒藥等。
3、嬰幼兒肛瘻
以表淺瘻為主，有自愈可能。非手術治療無效者可選擇切開術。
嬰幼兒肛瘻以低位單純性肛瘻為主，佔90％以上。在處理上因嬰幼兒肛門直腸肌肉發育不全，應避免多次、過大、過深的手術[7]。其手術適應症為：短期內（3個月內）反覆發作，且擴大化、複雜化趨勢且排便次數＜3次/天。必須經全體家屬同意、確認。
