肛瘻是肛管直腸周圍瘻性膿腫自然破潰或切開引流的後遺症，不能自愈。早期肛瘻形成，病人可無症狀，僅於肛周可捫及通向肛內的硬結，或有間隙性肛周溢液、肛門潮溼等症狀，當醫院診斷為“肛瘻”建議手術時，總是抱有僥倖心理，想避免手術從而可導致嚴重後果。事實上，原發病灶不去除，就猶如隱藏了一個“隱形炸彈”，當其再次發作時，病情已經複雜化。平時無症狀，病情也會發展的原因在於肛管直腸的特殊位置，糞便、細菌每天光顧，肛管直腸的肌肉經常處於舒縮的狀態，再加上飲食不潔、腹瀉、飲酒嗜辣等不良生活習慣，完全可以導致病情發展為複雜性肛瘻。
複雜性肛瘻特別是高位複雜性肛瘻是國際上目前較為難治性疾病，說其難治，是因為管道處於括約肌深部，內口位置複雜，探明其走向及內口位置，極其困難，雖然目前有較為先進的三維腔內超聲檢查法、螺旋CT三維成像、磁共振成像等檢查方法，也僅能提供瘻道與周圍組織的關係，對於原發病灶暫時處於穩定狀態、內口閉合的患者，根本無法判斷內口的正確位置，因而手術存在一定的復發風險，同時由於管道複雜，竄行於肛周括約肌之間，切除管道過多，將難以避免手術對肛周括約肌的損傷。
肛瘻一旦形成，理應及早手術治療，手術是根治肛瘻的唯一途徑，而此時手術，原發病灶清晰可尋、管道單純，手術對肛周括約肌的損傷極小，不會對肛門功能造成影響，恢復時間也較短。
有研究表明：反覆多年的肛瘻感染可以惡化，嚴重影響身心健康。
所以，肛瘻的手術應及早，避免複雜化，對於確已複雜化的肛瘻的患者，目前的醫學觀點為：出於保護肛門括約肌的目的，必要時應分次手術切除為宜，對手術風險較大，無法手術切除的患者，提倡帶瘻生存、門診隨訪。
