一、臨床表現：
1、症狀：反覆發作的肛周腫痛、流膿，急性炎症期可發熱。
2、局部檢查：視診可見外口凹陷或突起，時有分泌物。淺部肛瘻肛門周圍可觸及硬索，可判斷其行徑。
3、直腸指診：齒線附近可觸及凹陷或硬結，可初步確定內口位置；亦可大體評估肛周括約肌功能。
二、輔助檢查：
1、探針檢查：建議採用銀質球頭探針，可初步探查瘻道的情況。
2、肛門直腸鏡檢查：與雙氧水和低濃度亞甲藍配合使用，可確定或瞭解內口位置。
3、瘻道X線造影：採用泛影葡胺等造影劑從外口處注入瘻管，在動態下觀察管道走形及內口位置，尤其對於複雜性肛瘻的診斷有參考價值。
4、直腸腔內超聲：觀察瘻管的走向、內口以及判斷瘻管與括約肌的關係。但有一定的侷限性，多結合臨床。
5、CT：用於複雜性肛瘻的診斷，可配合造影檢查同時進行。
6、磁共振成像：是目前對複雜性肛瘻診斷最客觀、判定療效最為準確的檢測手段。能較好地顯示瘻管與括約肌的關係，準確性高，有條件時應大力推廣。
7、肛門直腸壓力測定：瞭解及評估肛門直腸功能情況。
