1、口腔損害：發病初期患者可能感覺到小“結節”，快速發展成潰瘍。米粒至綠豆大小不等，圓形或不規則形，邊緣清楚，但不整齊，深淺不一，底部或有淡黃色覆蓋物，周圍或可見紅暈。早期時約一個月發作一次，病期長者發作間隔時間縮短，呈此起彼伏而連續不斷地發作，少長期緩解病例。咽喉發病時，潰瘍數目少但較深而大，症狀重，癒合慢。
2、眼部損害：早期會出現一些較單一的損害，如角膜炎或角膜潰瘍，皰疹性結膜炎、鞏膜炎、脈絡膜炎、葡萄膜炎，視網膜炎，視網膜乳頭炎和視網膜動、靜脈炎，球后視神經炎和眼底滲出等多種臨床表現，其中虹膜睫狀體炎伴前房積膿雖比較特徵，但並不多見。早期滲出性病變可能吸收消失，而反反覆作後則成為更復雜的組織病變，嚴重者則成眼球癆或因眼底出血、玻璃體混濁及繼發性青光眼而影響視力，或因葡萄膜炎而致失明。
3、神經系統損害：包括球麻痺、反反覆作性截癱、四肢截癱以及器質性精神錯亂等，一旦有中樞神經損害如球麻痺等可危及生命，且多留有後遺症。
