正如之前提到的，大量的具有IBS症狀的病人沒有把症狀報告給醫生。而且一些有症狀的病人即使去就診也不要求進行特異的治療，寧願從關於他們診斷的解釋和加重IBS症狀的因素(包括應激和可能的飲食因素)中推斷出眾多的好處。作為一個循序漸進的過程，在IBS的有效治療開始時建立相互信任的醫患關係很有必要。此過程的摘要見表3。
醫護人員應該使IBS病人打消疑慮，告訴他們病情不會惡化為有生命危險的其他疾病，最多有可能會表現為包括腸動力和感覺系統在內的生理學異常，IBS和社會心理的障礙有關，在出現症狀時需要進行治療。就這一點來說，確定這種情況的嚴重性也許有助於計劃會有治療作用的生活制度。舉例來說，大多數伴有嚴重腹痛和其他影響整個生活質量症狀的病人都需要進行軀體或性虐待史和/或前面提到的精神障礙的調查。(4)對這些病人來說早期進行心理或精神上的干預很有好處。如果一個消化道功能紊亂的病人是以生理學紊亂為主的話，進行藥物療法是合理的，並且可能會很有好處。
在已經診斷IBS後，飲食上的調整也許能改善症狀。一項研究表明，在經過排除飲食調整並且逐漸加入不會導致附加症狀的食物後，48％的IBS病人會受益。60％以上的美國人不耐受乳糖，相應的症狀類似於IBS，所以推薦在飲食中去除乳糖。在正常的志願者中，咖啡因和脫去咖啡鹼的咖啡飲料都已經被證明會刺激直腸乙狀結腸的活動。山梨醇，一種作為無糖糖果、藥物和抑酸劑主要成分的糖醇，可能會產生胃脹氣、腹瀉以及排氣等類似於IBS的症狀。建立包括鍛鍊和對應激狀態進行治療的常規也是被推薦的。有一種方法可以明確生活上的應激、飲食的構成以及其他心理社會因素是否加重了IBS的症狀，就是在2-6周的時間內使用症狀日誌。這個方法可以用來確定飲食因素及應激事件和IBS症狀的加重有關。這些日誌可以被用作推薦飲食上的禁忌，應激狀態的治療和心理諮詢。
當病人和他們的醫生認為目前的病情已經影響病人生活質量的時候，對IBS進行附加的治療是有必要的。便秘為主型的IBS病人的最初治療常常會增加食物膳食纖維的攝入以及添加商品化的填充劑。纖維可以減少整個消化道循環時間，減少結腸的收縮性。有好幾個研究已經證明增加纖維攝入的方法對便秘為主型的IBS病人有益。各種各樣的纖維補充劑已經有商業化的成品，包括含多羧鈣的合成纖維(Fiberconò，Equalactin)。可溶性的纖維自然存在於一些水果和穀物中，包括蘋果、桔子、杏、洋李和燕麥麩。歐車前，Metamucilò 和Konsylò的活性成分，也是一種可溶性的纖維。甲基纖維素，Citrucelò的有效成分，是一種不溶性的纖維，與可溶性纖維比較而言甲基纖維素理論上可以使一些病人減少排氣，減輕胃脹氣。非處方類的緩瀉劑對一些便秘為主的IBS病人會有幫助。滲透性的緩瀉劑包括鎂乳、石蠟油及多庫酯鈉膠囊劑(如多庫酯鈉)對一些病人可以安全、有效的運用。電解質平衡溶液(MiralaxÔ)中的聚乙二醇是一種處方藥物，它和結腸鏡檢查術前準備時使用的溶液類似，它的用法為16克溶於8盎司液體，1-2次/天。這種藥物已經被證明對頑固性便秘的病人有效。此外，解痙藥物的治療包括抗膽鹼能藥物也有助於緩解疼痛。基於它們都能引起便秘，解痙藥物在便秘為主型的IBS中的應用也受到限制。抗抑鬱藥已經在IBS和其他腸功能紊亂的治療上應用，它的有效性最初發生在中樞神經系統的活動上。三環抗抑鬱藥，一種具有抗膽鹼能作用的藥物，已經被證明能緩解IBS病人腹痛和腹瀉的症狀。這些藥物常常引起便秘，所以在便秘為主型的IBS的病人中這些藥物應該慎用。選擇性5-羥色胺再吸收抑制劑(SSRIs)可能會引起腹瀉或便秘，它已經在IBS和其他腸功能紊亂的臨床治療中應用。循證醫學的研究表明大多數IBS治療方法的有效性還缺少遠期療效的觀察。
最近，5-HT4受體激動劑tegaserod(Zelnormò)已被FDA批准用於便秘為主型IBS的治療。這種藥物可以高效率的結合5-HT4受體。在實驗室的研究中顯示它能刺激腸蠕動和腸分泌以及降低內臟的敏感性。tegaserod也能刺激其他神經遞質的釋放，包括降鈣素基因相關肽(它對胃腸道功能可能有影響)。生理學的研究已經證明tegaserod能增強便秘為主型的IBS病人基礎腸動力活動和糾正腸能動性。在批准這種藥物之前，完成了三組隨機的、安慰劑對照的為期12周的雙盲臨床試驗，共2471名便秘為主型的IBS女性患者服用了tegaserod(6mg，bid)或安慰劑。這些研究表明：tegaserod可以緩解便秘為主型IBS女性患者的不適以及其他症狀(圖2)。另外，服用tegaserod的病人大便次數增多，腹痛緩解，大便粘度增加。服用tegaserod最常見的限制其應用的副作用為腹瀉。未來針對便秘為主型的IBS的治療包括另外的5-HT4的激動劑，例如prucalopride 和renzapride。IBS其他針對消化道的治療正在進行研究，包括5-HT1受體激動劑、kappa阿片樣物質受體激動劑、生長抑素類似劑以及神經激肽和速激肽的拮抗劑。
