1.胃癌
慢性胃炎的症狀，如食慾不振、上腹不適、貧血等。竇性胃炎的一些X線體徵與胃癌的體徵相當相似，需要特別注意鑑別。大多數患者的胃鏡檢查和活檢可以幫助鑑別。
2.消化性潰瘍
兩者都有慢性上腹痛，但消化性潰瘍主要是上腹部有規律的、週期性的疼痛，而慢性胃炎的疼痛很少有規律，以消化不良為主。這種區分依賴於胃鏡檢查。
3.慢性膽道疾病
如慢性膽囊炎、膽石症常有慢性右上腹痛、腹脹、噯氣等消化不良症狀，容易被誤診為慢性胃炎。但本病在胃腸道檢查中無異常發現，膽道造影和超聲檢查異常可最終確診。
4.其他
食慾不振、消化不良等症狀也會延誤肝炎、肝癌、胰腺疾病的診斷，全面體檢和相關檢查可以防止誤診。
