便秘患者需要在醫生的指導下進行常規檢查以排除器質性病變，如肛門指檢、大便隱血試驗、結腸鏡檢查等。尤其是老年和肥胖患者，當出現便血、貧血、消瘦、發熱、黑便、腹痛等報警症狀時應高度警惕，因為這些症狀往往是結直腸癌、痔瘡、急性炎症、腸息肉、炎症性腸病等疾病的表現。當檢查發現有腸道病變時，需要根據病因進行治療。如果沒有發現問題，應考慮功能性疾病。請到專門治療便秘的診所，徵求專家的意見，專家會根據你的情況有選擇地進行以下特殊檢查。
結腸轉運時間測量：在早餐時隨試驗餐吞下20個X射線不透明的標記物，每隔一定時間（如服用標記物後24小時、48小時、72小時）拍攝一次腹部X射線。醫生將根據腹部X光片上標記物的分佈情況來確定便秘的類型，這也是便秘分型的一個主要測試。
肛門直腸測壓。它可以檢測肛門肌肉的壓力和直腸的感覺功能以及直腸壁的順應性等。可以判斷肛門壓力和感覺功能是否異常，也是便秘分期的一種檢查。
結腸壓力監測。是在生理狀態下連續監測2448小時的結腸壓力變化。可以判斷結腸是否有蠕動，是否虛弱，對便秘的治療有指導作用。
球囊驅逐試驗：是對是否存在肛門驅逐障礙的篩選試驗。對於檢測結果為陽性的患者，需要進行進一步的檢測。
其他檢查，如排便造影、盆底肌電圖、恥骨神經潛伏期測量和肛門超聲內窺鏡檢查，可以瞭解便秘的原因。
經過這些檢查，專家會根據檢查結果確定便秘的原因、程度和類型，同時進行診斷，並對便秘的受累程度（結腸、直腸、肛門或伴隨的上消化道）、受累組織（肌肉病變或神經病變）、局部結構有無異常以及與便秘的因果關係進行綜合判斷，然後制定有效的治療方案並預測治療效果。
